La Direction Nationale assure la gestion quotidienne de la Fondation Nationale Jeunesse France Harcèlement. Elle est constituée d’environ 20 jeunes qui s’engagent bénévolement dans l’organisation des événements, la communication, la formation, les relations avec les institutions, ainsi que dans les domaines juridiques et financiers, entre autres.

Certaines fonctions sont attribuées par élection, comme celles des Responsables de Pôle, des membres du Conseil d’Administration, du Comité d’Éthique, ainsi que de la Présidence.